2024年3月8日发(作者：沃运洁)
用MEGA2做进化树的步骤(图示)
Fasta—alignment—clustal—create a new alignment—data—open—retrieve sequences from
file—alignment—align by clustalW—ok—ok—export alignment—mega format
Click me to activate a data file—mega file—phylogeny—bootstrap test of
phylogeny—UPGMA—compute—修改参数即可（options）--一般tree width改为800
1、打开程序
如下图所示：
2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to 打开转换文件对话框
如下图所示：
3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK
如下图所示：
4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录
如下图所示：
5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件
如下图所示：
6、选择meg文件，点“打开”
如下图所示：
7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了
如下图所示：
8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型
如下图所示：
9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。
如下图所示：
10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。
如下图所示：
11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。
如下图所示：
12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法
如下图所示：
13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。设定完成，点OK，开始计算。
如下图所示：
14、...经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比），程序就会产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。
如下图所示：
15、可以在Image菜单中把图片保存为emf格式，或者直接copy到剪贴板。
如下图所示：
16、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档
如下图所示：
17、可以切换树的显示模式
如下图所示：
18、调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等
如下图所示：
2024年3月8日发(作者：沃运洁)
用MEGA2做进化树的步骤(图示)
Fasta—alignment—clustal—create a new alignment—data—open—retrieve sequences from
file—alignment—align by clustalW—ok—ok—export alignment—mega format
Click me to activate a data file—mega file—phylogeny—bootstrap test of
phylogeny—UPGMA—compute—修改参数即可（options）--一般tree width改为800
1、打开程序
如下图所示：
2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。点File:Convert to 打开转换文件对话框
如下图所示：
3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK
如下图所示：
4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录
如下图所示：
5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件
如下图所示：
6、选择meg文件，点“打开”
如下图所示：
7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。然后点OK就行了
如下图所示：
8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型
如下图所示：
9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。点下图所示的菜单项。
如下图所示：
10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。
如下图所示：
11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。
如下图所示：
12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法
如下图所示：
13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。设定完成，点OK，开始计算。
如下图所示：
14、...经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比），程序就会产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。
如下图所示：
15、可以在Image菜单中把图片保存为emf格式，或者直接copy到剪贴板。
如下图所示：
16、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档
如下图所示：
17、可以切换树的显示模式
如下图所示：
18、调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等
如下图所示：